衡阳市教育科学研究院成立于2016年，其前身是衡阳市教育科学研究所（衡阳市教育教学研究室）。 

主要承担全市基础教育的教育教学研究、教学业务管理和教师教学业务水平提高等工作；承担全市教育科研的立项、管理和指导等工作；承担全市基础教育质量监测工作。内设机构有：办公室、中学文科教学研究室、中学理科教学研究室、小学教学研究室、综合教学研究室、教育理论研究室、教学评价研究室等机构。挂靠机构有：市课改办、市教育科学规划办、市教育学会秘书处、市教育学会中小学学科教学分会。

近年来，市教科院深化基础教育课程改革，创新教研方式，加强自身建设，认真履行“研究、指导、服务、管理”职能，全面提高全市教育教学质量，成效显著，亮点纷呈，得到了各级教育行政部门和基层学校、教师充分肯定，多次荣获“全国、全省教育科研先进集体”等荣誉称号。